SMKA Tun Datu Mustapha, Kinarut, Papar, Sabah (yang dahulunya dikenali sebagai SMKA Sabah Limauan, Kota Kinabalu) merupakan 'Sekolah Menengah Agama Kerajaan' yang pertama dibuka di Sabah iaitu pada tahun 1977. 

Sekolah ini telah berjaya melahirkan beribu pelajar yang Alhamdulillah, setakat ini telah banyak menyumbang kepada pembangunan negeri dan negara kita. Ada yang sudah menjadi wakil rakyat atau pemimpin politik, hakim dan pegawai mahkamah, ketua jabatan kerajaan, profesional seperti peguam, jurutera, akauntan, doktor, arkitek dan sebagainya serta ramai yang telah menjadi pendidik dan usahawan berjaya. Tidak dapat dinafikan, alumni sekolah ini telah banyak terbabit langsung dan tidak langsung di dalam arus pembangunan negeri dan negara.

Sumbangan terbesar sekolah ini adalah menjadi pusat pendidikan dan pembangunan aktiviti dakwah dalam suasana harmoni serta saling hormat-menghormati di kalangan masyarakat berbagai etnik di Sabah. Sekolah ini juga merupakan satu-satunya sekolah menengah agama yang mempunyai yayasannya sendiri iaitu Yayasan Limauan dan melalui Yayasan serta Pertubuhan Alumni SMKA Sabah Limauan, sekolah ini telah berjaya menganjurkan pelbagai program dan aktiviti kemasyakatan dan pendidikan motivasi di kawasan dan sekolah tertentu. 

Mari kita bersama menyokong usaha mengekalkan status sekolah ini sebagai Sekolah Menengah Agama Kerajaan (sekolah kawalan) demi iltizam dan aspirasi kita melihat sekolah ini berterusan menyumbang kepada kemajuan pendidikan dan pembangunan modal insan di Sabah.