El río Atoyac es considerado uno de los afluentes más contaminados de México, ubicado en el estado de Oaxaca, se descargan lo equivalente a 124 pipas de aguas negras, cada hora, sin consideración alguna, dañando al ecosistema propio del rio, así como contaminando los mantos friáticos para la población de las poblaciones circundantes. Además, las riberas del Río Atoyac se han vuelto un foco de infección al concentrar grandes cantidades de basura en las orillas, a raíz del problema ocasionado por el cierre del tiradero de basura de Zaachila, en 2022.

A pesar de que, en el año 2018, el Poder Judicial de la Federación ordenó a 18 autoridades federales, estatales y municipales tomar acciones para sanear y preservar ambos cauces, hasta la fecha no lo han hecho.