En el 2018 se declaro que Peña Colorada había perdido aproximadamente 1000 hectáreas en los últimos 10 años por falta de la declaratoria como área natural protegida, advirtió María de Jesús Ibarra, directora del Fideicomiso Queretano para la Conservación del Medio Ambiente (FIQMA).

Peña Colorada se encuentra prácticamente inmersa en la zona conurbada del
municipio de Querétaro, lo que trae consigo una presión sobre los recursos de esta área, siendo las amenazas principales el crecimiento de la mancha urbana, el cambio de uso de suelo y la contaminación

Presidente Andrés Manuel López Obrador dijo en su conferencia mañanera del 15 de agosto de 2019 que el gobernador de Querétaro, Francisco Domínguez le propuso hacer una reserva en Peña Colorada.
"Se está buscando la manera de darle una respuesta al gobernador que hizo esta demanda. Nos presentó el proyecto y ya tiene información el secretario de Medio Ambiente, Víctor Manuel Toledo, y ya se está trabajando en los dos casos", pero al día de hoy no ha pasado nada. 

Es importante que Peña colorada sea considerada ANP por las especies endémicas que viven en esta región y por lo que le produce al estado de Querétaro.