Istituzione di un Italian SARS-CoV-2 Sequencing Network

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Se c’è una cosa che questa pandemia ci ha sicuramente insegnato è che i dati sono potere, e che sono tutti in qualche modo collegati tra loro.

Sappiamo ad esempio che ad un aumento dei contagi seguirà qualche settimana dopo un aumento di decessi, come è pure noto che l’indice di trasmissione R debba essere minore di 1 affinché la pandemia possa considerarsi sotto controllo. I dati epidemiologici sono stati nell’anno passato la bussola che ha guidato le decisioni dei governi di tutto il mondo, ma potrebbero non essere più sufficienti.

Questo tipo di dati, infatti, ci fornisce delle informazioni che descrivono solo la diffusione del virus nella popolazione, senza dirci nulla sulle caratteristiche di SARS-CoV-2. L’emersione della variante B.1.1.7 (anche nota come variante “inglese”) ci ha chiaramente dimostrato che a fianco ai dati epidemiologici devono necessariamente esserci dei dati di sorveglianza genomica.

Per quanto sia infatti vero che SARS-CoV-2 è caratterizzato da un tasso di mutazione decisamente inferiore a quello degli altri virus a RNA, è anche vero che ogni contagiato rappresenta per il virus un’occasione per mutare e meglio adattarsi al suo ospite.

Questo adattamento non è necessariamente un vantaggio per l’ospite, ma anzi, come B.1.1.7 ci ha fatto chiaramente vedere, potrebbe rendere la gestione della pandemia decisamente più complessa.

Per questa ragione chiediamo che venga instituito una rete nazionale di laboratori che si occupi della sorveglianza genomica di SARS-CoV-2 (Italian SARS-CoV-2 Sequencing Network, ISSN).

Nel pratico, si tratta di individuare dei laboratori che insieme siano in grado di sequenziare giornalmente un gran numero di campioni virali prelevati da individui risultati positivi.

Questi individui dovrebbero ricadere in almeno una di tre categorie:

  • Campione giornaliero completamente casuale corrispondente a una certa percentuale dei positivi
    Monitorare la comparsa di nuove varianti
    Rilevare la distribuzione e l’abbondanza delle varianti
  • Chi proviene da luoghi da luoghi considerati a rischio, come ad esempio le grandi città o l’estero.
    Tracciare l’importazione di varianti estere e contenerne la diffusione.
  • Pazienti peculiari, come ad esempio i “long-COVID”.
    Determinare l’eventuale ruolo dell’interazione tra paziente/ambiente/terapia e virus nella selezione di nuove varianti

I dati ottenuti sarebbero poi facilmente condivisibili pubblicandoli sul database liberamente accessibile gisaid.org.

Lo scopo di questo progetto sarebbe non solo quello immediato di fornire una corretta stima della diffusione della variante B.1.1.7 sul territorio nazionale, ma anche di fornire i dati necessari per affrontare al meglio il resto della pandemia.

Ognuno dei test molecolari attualmente in commercio si basa su diversi geni e diverse sequenze del virus e la diffusione di nuove varianti potrebbe renderli meno efficaci nell’individuare i positivi. Il test TaqPath (ThermoFisher) usato in Inghilterra, ad esempio, si basa sui geni ORF1ab, N e S, ma la variante B.1.1.7 si è dimostrata in grado di eludere la rilevazione tramite il gene S. Ciò significa che quegli specifici test risulteranno sì positivi per i geni ORF1ab e N, ma non per S.

Sapere quali varianti precisamente circolano in Italia ci permetterebbe quindi di avere anche un’idea più precisa di quanto accurati sono i test che stiamo usando dato che ognuno si basa su sequenze geniche diverse.

Al fine di assicurarsi inoltre che la campagna vaccinale si realizzi nel suo pieno potenziale, è auspicabile la conoscenza dell’intera gamma di varianti presenti sul territorio nazionale onde evitare la selezione e diffusione di quelle che eventualmente risultassero capaci di eludere la risposta immunitaria generata dai vaccini.

Per queste ragioni noi chiediamo che l’opera di sequenziamento non sia lasciata ai singoli laboratori locali, ma organizzata, coordinata e finanziata a livello nazionale, come peraltro anche l’Organizzazione Mondiale della Sanità suggerisce di fare.
Chiediamo quindi l'istituzione di un network italiano per il sequenziamento di SARS-CoV-2 (ISSN).

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