La estación de subte San José vieja inaugurada el 20 de junio de 1944, día que se inauguró la línea E, era parte del recorrido junto a las estaciones: Constitución (hoy taller de la línea C), Entre Ríos, Pichincha, Jujuy y Gral. Urquiza. Era formalmente la línea 2 de la CHADOPyF (Companía Hispano Argentina de Obras Públicas y Finanzas).

A partir de diciembre de 1944 se inauguró el apeadero Boedo, estaba ubicado unos metros antes de la actual estación y se mantuvo así por 16 años hasta 1960 que se inauguró la actual estación Boedo, incorporándose al recorrido de la línea.

San José vieja estuvo activa por casi 22 años, hasta el 24 de abril de 1966, pero por las pocas personas que circulaban por ella las autoridades decidieron redireccionar a la línea E hacia Plaza de Mayo, luego llamarían a esta estación Bolivar, inaugurando este tramo junto con la estación Av. La Plata el presidente Arturo Illia en 1966.

Sin embargo no se canceló el tren a Constitución, yendo de dicha estación, hasta San José vieja haciendo combinación en la actual estación San José nueva (Retiro - Plaza de los Virreyes). Luego de 1 año de brindar este servicio se empezo a usar la estación vieja como cochera, acopio de materiales y luego como taller.

La estación tiene 2 murales que se protegieron con placas para que no se dañen: Las Cataratas del Iguazú y Los Lagos del Sur, ambos realizados por Otto Durá en 1939.

En la década del 70 se pensó, junto con el hoy taller Constitución, que sea parte de la nueva línea F pero descartaron esta posibilidad llevando la futura combinación a la estación Entre Ríos haciendo un nuevo tunel.

San José vieja fue la principal protagonista de la película argentina Moebius de 1996 (era la estación Dock Sud y la estación Borges).

En la actualidad la línea E tiene el taller Lacarra por lo tanto podrían liberar a San José vieja que es una estación histórica y no debería ser un taller ni una cochera ni depósito sino debería volver al servicio activo de pasajeros y podría ser utilizada como pasa en otros subterraneos del mundo que tienen varias cabeceras, en el caso de este subte, son 2 cabeceras: Constitución y Retiro.

Sr. Jefe de Gobierno y autoridades de EMOVA reconsideren a San José vieja como lo que es una estación histórica del subte E y que los usuarios puedan disfrutar de sus bellos murales y poder volver a recorrer los viejos túneles que llevaban al subte E a Constitución.