La iglesia de San Pedro de Alcántara fue desacralizada en octubre de 2023 por parte del arzobispado de Sevilla porque la congregación de las Esclavas del Sagrado Corazón que tenía el usufructo, abandonó la ciudad y se dispone a vender la residencia femenina vecina a la iglesia. Desde entonces, la plataforma en defensa del uso educativo de la iglesia de San Pedro de Alcántara ha reivindicado en los medios de comunicación que la propiedad de dicha iglesia, desamortizada en 1836 junto al resto del convento franciscano en que desde 1868 se sitúa el Instituto San Isidoro, es pública. El Instituto la siguió usando como iglesia en que inauguraba el curso y celebraba ceremonias hasta que en 1965 se construyó el edificio actual en el que se incluyó capilla propia. Las Esclavas gozaron de su uso compartido desde 1895 hasta 1865 y de su usufructo en exclusiva desde 1965 hasta 2023. La antigua portada de la iglesia sigue estando dentro del patio del Instituto.

El Instituto San Isidoro y el Conservatorio Cristóbal Morales celebran programas culturales y especialmente musicales durante todo el curso escolar y han presentado ante la administración educativa un proyecto de uso compartido para dicha iglesia, de modo que el  alumnado de sus centros e incluso de otros centros, pueda disfrutar su extraordinaria acústica.