สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชในพระโกศทรงมีพระวินิจฉัยเกี่ยวกับนายไชยบูลย์ สุทธิผล (อดีตธมฺมชโยภิกขุ เพราะต้องอาบัติปาราชิกแล้ว จึงไม่สามารถเรียกว่าพระได้) เมื่อวันที่ 26 เมษายน 2542 ว่า...

"ความบิดเบือนพระพุทธธรรมคำทรงสอน โดยกล่าวหาว่าพระไตรปิฏกบกพร่อง เป็นการทำให้สงฆ์ที่หลงเชื่อคำบิดเบือน แตกแยกออกไป กลายเป็นสอง มีความเข้าใจความเชื่อถือพระพุทธศาสนาตรงกันข้าม เป็นการทำลายพระพุทธศาสนา ทำสงฆ์ให้แตกแยก เป็นอนันตริยกรรม มีโทษทั้งปัจจุบัน และอนาคต ที่หนัก

ส่วนที่มิใช่เป็นการลงโทษ แต่เป็นการทำที่ถูกต้อง คือต้องมอบสมบัติทั้งหมดที่เกิดขึ้นในขณะเป็นพระ ให้แก่วัด ทันที (5 เมษายน พ.ศ.2542)

"ไม่คิดให้มีโทษ เพราะคิดในแง่ยกประโยชน์ให้ ว่าในขั้นต้นอาจมิใช่มีเจตนาถือสมบัติของวัดเป็นของตนจริงๆ แต่เมื่อถึงอย่างไรก็ไม่ยอมมอบคืนสมบัติทั้งหมดที่เกิดขึ้นในขณะที่เป็นพระ ให้แก่วัด ก็แสดงชัดแจ้ง ว่าต้องอาบัติปาราชิก ต้องพ้นจากความเป็นสมณะโดยอัตโนมัติ ต้องถูกจัดการอย่างเด็ดขาด เช่นเดียวกับผู้ไม่ใช่พระปลอมเป็นพระ ด้วยการนำผ้ากาสาวพัสตร์ไปครอง ทำความเศร้าหมองให้เสื่อมเสีย ให้เกิดแก่สงฆ์ในพระพุทธศาสนา"

เราจึงขอให้ท่านนายกรัฐมนตรีช่วยสนับสนุนการรื้อฟื้นคดีพระเทพญาณมหามุนี หรือนายไชยบูลย์ สุทธิผลเจ้าอาวาสพระธรรมกายที่ยุติลงแบบไม่ถูกต้องทั้งทางโลกและทางธรรมในปี 2542 เนื่องด้วยมหาเถรสมาคมมีมติที่ขัดกับพระวินิจฉัยของสมเด็จพระสังฆราชในพระโกศ และขัดกับหลักพระธรรมวินัย และในทางโลก อัยการสูงสุดในขณะนั้น นายพชร ยุติธรรมดำรงก็ได้ก็ถอนฟ้องทั้งนายไชยบูลย์ สุทธิผล ด้วยความไม่โปร่งใสและน่าเคลือบแคลง

การรื้อฟื้นคดีในครั้งนี้ จะเป็นการทำให้คดีที่จบลงอย่างไม่ถูกต้องและเป็นที่น่าสงสัยต่อประชาชน ได้ถูกนำกลับมาดำเนินการให้ถูกต้องตามกฎหมาย และเพื่อระงับไม่ให้ความเศร้าหมองและความแตกแยกระหว่างสงฆ์และประชาชนให้รุนแรงไปกว่าในปัจจุบันนี้