Berdasarkan keputusan Ketua Yayasan Don Bosco terhadap SMA Swasta Santo Thomas 2 Medan melalui surat 586/MDN-III/DB-Sekret/2016, pada poin ke-4 yang menyatakan bahwa SMA Swasta Santo Thomas 2 Medan hanya menamatkan rombongan belajar yang tersisa hingga 2 tahun ajaran yang akan datang.

Sebagai alumni SMA Swasta Santo Thomas 2 Medan angkatan ke-33, saya tidak setuju secara moral terhadap keputusan tersebut. SMA Swasta Santo Thomas 2 yang menjadi almamater saya ditutup karena alasan penutupan yang tidak logis.  Tidak ada rapat terbuka, tidak ada demokrasi, tidak ada keterbukaan, semua keputusan sepihak. Alasannya, hanya karena efektivitas sistem dan manajemen dalam penggabungan gedung sekolah yang baru. Keputusan ini tidak memberikan solusi yang adil bagi SMA Swasta Santo Thomas 2 Medan

Selama ini aktivitas akademik dialihkan ke gedung sementara dengan fasilitas yang tidak sesuai. Kabar tentang gedung baru harusnya menjadi kabar bahagia, tetapi malahan sebaliknya. Gedung baru itu ada tetapi SMA St Thomas 2 Medan itu tidak ada. Ini tidak adil bagi kami.

Keputusan ini akan membuat kami para alumni kehilangan almamater kami. Prestasi-prestasi yang selama ini kami bangun untuk sekolah adalah sia-sia. Bagaimana mungkin adik-adik kelas kami, nyaman belajar dengan kondisi seperti ini. Bagaimana pahlawan kami. Semua hanya akan tinggal nama. Sekolah yang dikenal baik, hilang begitu saja. Tanpa alasan yang terbuka jelas, kami hanya bisa menghayalkan kenangan SMA Swasta Santo Thomas 2 saat reuni nanti.