As causas do declínio são óbvias. Cerca de 85% do hábitat original das onças-pintadas na Mata Atlântica já desapareceu, e apenas 7% das florestas que restam ainda estão em bom estado de conservação, com tamanho e alimento suficientes para abrigar a espécie, segundo os cientistas. Não bastasse isso, as poucas onças sobreviventes são frequentemente perseguidas e atacadas por caçadores e fazendeiros.