El aceite de palma es perjudicial para la salud, pero también para el medio ambiente, de ahí que certificados como RSPO o GreenPalm luchen contra el grave impacto ambiental que origina 

Deforestación y pérdida de biodiversidad
La deforestación es una de las principales consecuencias que tiene la producción del aceite de palma. El Programa de Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA) asegura incluso que se han creado de forma ilegal plantaciones en áreas naturales protegidas, como parques nacionales. Un estudio de la Universidad de Princeton (EE.UU.) y el Instituto Federal Suizo de Tecnología calcula que entre 1990 y 2005, entre el 55% y el 60% de la expansión de este cultivo en Malasia e Indonesia (los dos principales productores mundiales con el 80% del total) se hizo a costa de bosques tropicales.

Una consecuencia de la deforestación es la pérdida de biodiversidad, ya que los cultivos tienen un fuerte impacto en estas zonas tropicales y desplazan a numerosos seres vivos que habitan en bosques, al mismo tiempo que se eliminan corredores naturales y se dañan puntos calientes de biodiversidad. De esta manera aíslan poblaciones de especies, dificultan o impiden su reproducción y merman su diversidad genética.

Por otra parte, el uso indiscriminado de pesticidas, de trampas y vallas eléctricas o el disparo a los animales que entran en los cultivos también ha sido muy perjudicial. En 1900 había unos 315.000 orangutanes; en la actualidad hay menos de 50.000, aislados en pequeños grupos que podrían extinguirse en una década. Los tigres, rinocerontes, elefantes, tapires u osos, sin olvidar el resto de especies de insectos, aves, plantas o microorganismos también corren un grave peligro de extinción.

Además de la deforestación y la extinción de especies, la producción del aceite de palma produce la emisión de CO2 a la atmósfera, a lo que se suma el uso indiscriminado de pesticidas. Todo ello contribuye a que se acelere el cambio climático y la contaminación del aire. La principal razón es que los bosques actúan como sumideros de carbono, ya que retienen el dióxido de carbono (CO2), uno de los principales gases de efecto invernadero (GEI) implicados en el calentamiento global. Con la quema de los bosques para sustituirlos por cultivos de palma, se libera el CO2 que tenían.