El Padre José (Pepe) Aldunate (SJ) dedicó la mayor parte de su vida a defender los derechos de los obreros y obreras. Durante la dictadura militar fue un acérrimo defensor de los derechos humanos. A través de una serie de publicaciones levantó la voz para denunciar las atrocidades del régimen militar.

Fue uno de los fundadores y guía del Movimiento Contra la Tortura Sebastián Acevedo (nombre que rendía homenaje a un padre que se inmoló exigiendo la liberación de sus hijos), conformado por sacerdotes, religiosas, laicos y no creyentes adscritos o no a partidos políticos, que levantaron la voz para señalar que en Chile se torturaba, realizando acciones callejeras de variado tipo que se implementaban para sensibilizar al país de ese flagelo.

Fue crítico de una iglesia que abandonaba y expulsaba a aquellos que eran diferentes. Apoyo causas como el aborto en ciertas causales, el matrimonio igualitario o la adopción homoparental, mostrando a la iglesia y a la sociedad la urgencia y necesidad de cambio; de no cerrar la puerta a nadie

Por su trayectoria, fue galardonado con el Premio Nacional de los Derechos Humanos en 2016.​​​